Mikroflorę fizjologiczną człowieka stanowią drobnoustroje zasiedlające skórę i błony śluzowe, pozostające w stałej równowadze jeżeli nie zadziała jakiś czynnik, który powoduje ich namnażanie. Są to te organizmy, które na stałe występują w organizmie. Ilość mikoorganizmów należących do mikroflory fizjologicznej szacuje się na około tysiąc gatunków, specyficznych dla każdego człowieka. Badania wykazały, że jedynie 13% drobnoustrojów jest jednakowa w materiale pobranym ze skóry dłoni dwóch osób. Najwięcej mikroorganizmów na skórze znajduje się w wilgotnych okolicach ciała: fałdach skórnych, przestrzeniach międzypalcowych, pachach oraz na skórze głowy. Suche okolice ciała nie są sprzyjającym środowiskiem do rozwoju mikroorganizmów. Na skórze głowy przeważają drożdżaki. 2 gatunki bakterii bytujących na skórze, które mają dla człowieka największe znaczenie to Staphylococcus epidermidis i Propionibacterium acnes. Najbardziej złożona mikroflora występuje w przewodzie pokarmowym.
Na obecność mikroorganizmów na skórze głowy główny wpływ ma higiena, styl życia, stan zdrowia, odżywianie, wiek oraz leki. Bardzo niekorzystny wpływ ma antybiotykoterapia zarówno na stan skóry głowy jak i włosy. Szczególnie niebezpieczne jest nie zażywanie probiotyków w trakcie stosowania antybiotyku, gdyż uzupełniają one braki we florze fizjologicznej. Leki wyniszczają zarówno drobnoustroje patogenne jak i te naturalnie bytujące w naszym organizmie. Z trychologicznego punktu widzenia najczęstszym niekorzystnym skutkiem stosowania antybiotyków jest rozwój grzybic na skórze głowy oraz nadmierne wypadanie włosów.
